En el presente trabajo realizamos un análisis transcriptómico integrativo in silico utilizando células A549 de adenocarcinoma de pulmón tratadas con el inhibidor de nedilación MLN4924, y la línea celular PC9 resistente a gefitinib (PC9GR). Nos enfocamos en los efectos transcripcionales de los principales biotipos de ARNs no codificantes (ncRNA) expresados diferencialmente, así como sus factores de pluripotencia asociados. De manera interesante, las células tratadas con MLN4924 mostraron una regulación positiva significativa de los ARN mensajeros (mRNA) involucrados en carcinogénesis, adhesión celular y vías de diferenciación, así como una regulación negativa paralela de las vías de señalización de supervivencia y mantenimiento de la pluripotencia, un efecto que se observó inversamente en las células PC9GR. Además, descubrimos que la expresión de factores de pluripotencia podría anularse mediante ncRNA regulados a la alza, seleccionados tras el tratamiento con MLN4924 de manera independiente de la dosis y el tiempo. Además, los microARN regulados positivamente y los mRNA dirigidos a sus blancos codificantes mostraron un enriquecimiento evidente de las vías de proliferación, diferenciación y apoptosis, mientras que los mRNA regulados negativamente estuvieron implicados en el mantenimiento del fenotipo de células madre. Finalmente, nuestros resultados demostraron que los factores de pluripotencia (KLF4 y FGFR2) y de transición epitelio-mesénquima (ZEB2, TWIST2, SNAI2, CDH2 y VIM) que se expresan altamente en las células PC9GR en comparación con las células PC9 sensibles a gefitinib, podrían regularse negativamente con el inhibidor MLN4924, principalmente mediante la activación de vías de diferenciación epitelial, ejerciendo así un papel protector en las células de cáncer de pulmón, y su quimiosensibilidad, para evitar la transformación tumorigénica del pulmón.