Hay una gran deuda histórica con las comunidades indígenas de nuestros países y en especial del Estado de Puebla. Estos pueblos mantienen recursos naturales de gran importancia para la humanidad; como el agua dulce, la biodiversidad de plantas y ecosistemas. Estos pueblos mantienen recursos genéticos mediante el trabajo comunitario y la experimentación en agroecosistemas complejos; como la milpa, parcelas y montes. Sin embargo, la alta migración de jóvenes a centros urbanos, la implementación de tecnologías modernas (herbicidas, fertilizantes, híbridos u OGM), pone en riesgo la continuidad cultural de las tecnologías propias desarrolladas para mantener las necesidades alimenticias de gran parte de la población regional. En la actualidad es estratégico entablar un dialogo de saberes entre el conocimiento generado en las Universidades con el conocimiento desarrollado por la práctica de los campesinos macehuales y tutunakús de la parte alta de la cuenca del rio Ajajalpan.
A través de la línea de Investigación/docencia en manejo agroecológico y domesticación de plantas que se estableció en la UIEPA-Ahuacatlán y bajo la dirección del Dr. César Santiago Tepantlán, se han recopilado técnicas de bajo costo para el diagnóstico de los agroecosistemas; como la fertilidad de suelos, la diversidad de microorganismos y la incidencia de plagas, entre otras. Se plantea una serie de talleres participativos en donde los estudiantes de la Licenciatura en biotecnología -especialidad en agrobiotecnología- expliquen conceptos científicos sobre domesticación de plantas, nutrición vegetal, conservación de suelos y agua en distintas comunidades de los municipios de Olintla, Ahuacatlán, San Felipe Tepatlán y Zacatlán.